Al igual que millones de su generación, la tragedia del Holocausto también golpeó personalmente al Rebe. DovBer, el hermano menor del Rebe fue fusilado y su cuerpo arrojado a una fosa común, al igual que lo fueron miles de otros judíos, en una serie de masacres llevadas a cabo por los alemanes poco antes de la ocupación de Dnepropetrovsk, en otoño de 1941. La misma suerte corrieron su amada abuela y otros miembros de su familia. La esposa del Rebe perdió a su hermana menor, Sheina, quien murió en Treblinka, junto con su esposo y su hijo.  

En sus escritos y argumentos sobre el tema, el Rebe rechaza todas las explicaciones teológicas acerca del Holocausto. ¿Qué mayor soberbia y falta de humanidad puede existir que dar una explicación para la muerte y tortura de millones de hombres, mujeres y niños? Solamente podemos admitir que hay cosas que están por encima del limitado conocimiento de la mente humana. Haciéndose eco de su suegro, el Rebe solía decir: “No es mi tarea justificar a D-os acerca de este acontecimiento. Es únicamente el propio D-os quien puede dar respuesta a lo que Él permitió que sucediera y, la única respuesta que aceptaremos, será la inmediata y completa redención que desterrará para siempre el mal de la faz de la tierra y hará surgir la intrínseca bondad y perfección de la creación de D-os".

Para quienes argumentaban que el Holocausto “refuta” la existencia de D-os o Su Providencia en nuestras vidas, el Rebe decía: “Por el contrario, el Holocausto ha refutado decisivamente toda posible fe en la ética basada en el ser humano. ¿No fue precisamente el grupo humano que representaba la cultura, los adelantos científicos y la moral filosófica el que perpetró las más perversas atrocidades conocidas en la historia de la humanidad? Aunque sea lo único que nos ha dejado el Holocausto: la enseñanza es que solo se puede alcanzar una existencia ética y civilizada a través de la creencia en un Poder Superior y la sumisión al Mismo".

 El Rebe también dijo: “nuestra indignación, nuestro permanente desafío a D-os con respecto a lo que sucedió, constituyen en sí mismo una poderosísima afirmación de nuestra fe en Él y en Su bondad; ya que si no tuviéramos esa fe, como algo subyacente, ¿con quién es que estamos ofendidos? ¿Con los invisibles hilos que mueve el destino? ¿Con el aleatorio orden de las partículas subatómicas que componen el universo? Es justamente porque creemos en D-os que estamos convencidos que existen la justicia y el mal y que finalmente triunfará la justicia, que clamamos, como lo hizo Moisés: ‘¿Por qué D-os mío, le has hecho daño a Tu pueblo?’” (Éxodo, 5:22)  

Pero, para el Rebe, lo más importante acerca del Holocausto no era cómo podemos, o no, comprenderlo. Ni siquiera cómo recordamos a las víctimas, sino qué es lo que hacemos a ese respecto. Si permitimos que el dolor y la desesperanza nos dejen tan abatidos como para no poder educar a una nueva generación de judíos con un fuerte compromiso con su judaísmo, entonces, D-os no lo permita, se habrá hecho realidad la “solución final” de Hitler. Pero, si reconstruimos, si educamos a una generación orgullosa y segura en su judaísmo, habremos triunfado.

Y esto es lo que el Rebe llevó a cabo. Cuando fue nombrado por su suegro para encabezar los departamentos de educación y actividades sociales de Jabad, puso en marcha los programas que, durante los siguientes cincuenta años, anunciarían el renacimiento de la vida judía en el mundo post-Holocausto.