Rabí Shabtai ben Meir HaCohén estudió al principio con su padre, hasta los doce años. Luego, habiendo ya adquirido diestro dominio del Talmud y los Legisladores, su padre lo envió a estudiar a la célebre Ieshivá del Gaón Rabí Iehoshúa, autor del renombrado Penéi Iehoshúa. Más tarde Rabí Shabtai fue a estudiar Torá con los Gueoním Rabí Heshel y Rabí Naftali Katz. Cuando llegó a Vilna, a pesar de su corta edad, Rabí Shabtai era considerado uno de los insignes eruditos de su generación.

El joven Rabí Shabtai también fue elegido como Superior Juez Rabínico de Vilna. Se dedicó al estudio de la Torá y a escribir libros. Fue durante esta época que escribió su célebre obra titulada Siftei Cohén (por lo que se lo conoce con sus iniciales, Shaj) sobre el Shulján Aruj Ioré Deá. Este libro fue impreso por primera vez en Cracovia en 1646, cuando su autor no tenía más que 24 años. Dieciocho ilustres Rabinos, los más grandes genios talmúdicos de la época, dieron su Aprobación Rabínica a la obra y alabaron al joven erudito inmensamente.

Posteriormente el Shaj se vio obligado a escapar un jueves 24 de Tamuz de 1655 en dirección a Lublín, cuando los rebeldes cosacos encabezados por Bogdán Jmielnitzki destruyeron comunidades judías enteras asesinando y robando a su paso. También allí llegaron los cosacos el primer día de Sucot, asesinando a muchos judíos. El Shaj logró huir nuevamente y deambuló de lugar en lugar hasta llegar a Dreznitz, Checoslovaquia, donde asumió como Rabino del lugar. De allí fue invitado a ocupar el sitial rabínico de Helishoi.

También fue cabalista y poeta.

Falleció en el año 1662, a los 41 años. Su obra, y la del Taz, son pilares del Shulján Aruj y están impresas junto a éste, tal como lo están Rashi y Tosafot alrededor de la Guemará.